Hace tiempo me encontre un programillas para hacer los porgramas hechos en java .exe sin problemas de que puedan leer tu codigo. Nada mas que este te agrega una imagen al inicio diciendo que tal ejecutable fue hecho con tal prgrama.
Aun asi creo que esta herramienta deja abajo a los famosos jar. Chequenlo aqui.
www.ej-technologies.com/download/exe4j/files.php